Цитата: У нас два физических лица у одного 99 акций и у другого 1 акция.....
Вы, скорее всего, не подходите под критерий по составу акционеров для признания Вас малыми.
Цитата: 1.1. В целях отнесения хозяйственных обществ, хозяйственных товариществ, хозяйственных партнерств, производственных кооперативов, потребительских кооперативов, крестьянских (фермерских) хозяйств и индивидуальных предпринимателей к субъектам малого и среднего предпринимательствадолжны выполняться следующие условия:1) для хозяйственных обществ, хозяйственных товариществ, хозяйственных партнерств должно быть выполнено хотя бы одно из следующих требований:а) участники хозяйственного общества либо хозяйственного товарищества - Российская Федерация, субъекты Российской Федерации, муниципальные образования, общественные или религиозные организации (объединения), благотворительные и иные фонды (за исключением инвестиционных фондов) владеют суммарно не более чем двадцатью пятью процентами долей в уставном капитале общества с ограниченной ответственностью либо складочном капитале хозяйственного товарищества или не более чем двадцатью пятью процентами голосующих акций акционерного общества, а участники хозяйственного общества либо хозяйственного товарищества - иностранные юридические лица и (или) юридические лица, не являющиеся субъектами малого и среднего предпринимательства, владеют суммарно не более чем сорока девятью процентами долей в уставном капитале общества с ограниченной ответственностью либо складочном капитале хозяйственного товарищества или не более чем сорока девятью процентами голосующих акций акционерного общества.То есть по этому критерию вы не подходите.б) акции акционерного общества, обращающиеся на организованном рынке ценных бумаг, отнесены к акциям высокотехнологичного (инновационного) сектора экономики в порядке, установленном Правительством Российской Федерации;По этому критерию Вы не подходите .в) деятельность хозяйственных обществ, хозяйственных партнерств заключается в практическом применении (внедрении) результатов интеллектуальной деятельности (программ для электронных вычислительных машин, баз данных, изобретений, полезных моделей, промышленных образцов, селекционных достижений, топологий интегральных микросхем, секретов производства (ноу-хау), исключительные права на которые принадлежат учредителям (участникам) соответственно таких хозяйственных обществ, хозяйственных партнерств - бюджетным, автономным научным учреждениям либо являющимся бюджетными учреждениями, автономными учреждениями образовательным организациям высшего образования;По этому критерию Вы как - подходите? Думаю, что нет.г) хозяйственные общества, хозяйственные партнерства получили статус участника проекта в соответствии с Федеральным законом от 28 сентября 2010 года N 244-ФЗ "Об инновационном центре "Сколково";Здесь вы опять мимо.д) учредителями (участниками) хозяйственных обществ, хозяйственных партнерств являются юридические лица, включенные в утвержденный Правительством Российской Федерации перечень юридических лиц, предоставляющих государственную поддержку инновационной деятельности в формах, установленных Федеральным законом от 23 августа 1996 года N 127-ФЗ "О науке и государственной научно-технической политике".Здесь вы также мимо.е) утратил силу с 1 декабря 2018 года. - Федеральный закон от 03.08.2018 N 313-ФЗ;ж) участниками обществ с ограниченной ответственностью являются только общероссийские общественные объединения инвалидов и (или) их отделения (территориальные подразделения) и в таких обществах с ограниченной ответственностью за предшествующий календарный год среднесписочная численность инвалидов по отношению к другим работникам составляет не менее чем пятьдесят процентов, а доля оплаты труда инвалидов в фонде оплаты труда - не менее чем двадцать пять процентов;Вы здесь также не вписываетесь.
Итого - Ваше непубличное АО вероятно не может быть субъектом малого предпринимательства из-за того, что состав Ваших акционеров не подходит под вышеперечисленные критерии.